El territorio de Madarcos configura una llanura de suave pendiente, limitada por las cumbres de la divisoria secundaria de aguas y el río Madarquillos. Éste nace en la Sierra de La Acebeda y recibe el caudal de los arroyos San Benito, El Hondo y el río Cocinillas o ‘de la Nava’. Desemboca en el Lozoya, en el embalse de Puentes Viejas, contribuyendo a la riqueza hídrica de la zona.

La altitud del territorio oscila entre 988 y 1.324 metros. Sus picos más elevados son el Cerro Quiñones (1.324 m) y el Pico de la Dehesilla (1.316 m). Aproximadamente la mitad del municipio está cubierta por prados y pastizales con matorrales bajos y robles dispersos, además de pequeñas zonas boscosas cercanas a los cursos de agua y huertas dedicadas al cultivo tradicional.

La incorporación de Madarcos aportó a la Reserva de la Biosfera Sierra del Rincón más hábitats protegidos por UNESCO:

· Zonas medias y bajas de los ríos con vegetación acuática sumergida o flotante. (Hábitat 3260)

· Dehesas con árboles dispersos del género Quercus, especialmente robles, asociados al pastoreo tradicional. (Hábitat 6310)

· Bosques mediterráneos dominados por encinas (Quercus rotundifolia) (Hábitat 9340). Su aportación de este ecosistema a la Reserva de la Biosfera es muy relevante.

Estos entornos naturales favorecen una amplia diversidad de ambientes, que favorece una destacada fauna.

Madarcos posee un elevado atractivo para el turismo de naturaleza, senderismo y actividades de observación de fauna y flora.